Samen met Noordhout vormen Heidestein en Bornia een natuurgebied van 637 hectare. Het is het grootste aaneengesloten natuurgebied van Utrechts Landschap. Het gebied bestaat uit naald- en gemengde bossen met heidevelden, stuifzanden en akkers. Allerlei overblijfselen van de het historische landgoederen, zoals het theehuis, de vijver en resten van perronnetjes, geven het landgoed zijn eigen bijzondere sfeer.

Schapen zorgen ervoor dat het heidegebied open blijft. Ze eten het gras en de jonge boompjes tussen de heide weg. Op Heidestein lopen Drentse heideschapen. Dit is het enige gehoornde schapenras van Nederland. Heidestein is een officieel fokstation voor dit bijzondere schapenras.